การดำเนินการจัดการเรื่องร้องเรียนการทุจริตฯ เมื่อมีการจัดตั้งศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชั่นแล้ว อาจแบ่งได้เป็น 3 กรณี ดังนี้
กรณีที่ 1 ผู้ร้องเรียนยื่นเรื่องโดยตรงไปยังหน่วยงานที่ถูกร้องเรียน
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนแจ้ง/สำเนาเรื่องร้องเรียนแจ้งมายังศูนย์ปฏิบัติการฯ ทราบภายใน 15 วัน นับจากวันที่หน่วยงานเจ้าของเรื่องได้รับเรื่องร้องเรียน
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนดำเนินการจัดการเรื่องร้องเรียน
- ศูนย์ปฏิบัติการฯ ติดตามเรื่องร้องเรียนอย่างต่อเนื่องจนได้ข้อยุติ
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนแจ้งผลการจัดการเรื่องร้องเรียนไปยังผู้ร้องเรียน พร้อมทั้งสำเนาส่งให้ศูนย์ปฏิบัติการฯ ทราบ
กรณีที่2 ผู้ร้องเรียนยื่นเรื่องผ่านทางศูนย์ปฏิบัติการฯ
- ศูนย์ปฏิบัติการฯ ส่งต่อเรื่องร้องเรียนไปยังหน่วยงานที่ถูกร้องเรียน
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนดำเนินการจัดการเรื่องร้องเรียน
- ศูนย์ปฏิบัติการฯ ติดตามเรื่องร้องเรียนอย่างต่อเนื่องจนได้ข้อยุติ
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนแจ้งผลการจัดการเรื่องร้องเรียนไปยังผู้ร้องเรียนไปยังผู้ร้องเรียน พร้อมทั้งสำเนาส่งให้ศูนย์ปฏิบัติการฯ ทราบ
กรณีที่ 3 ผู้ร้องเรียนยื่นเรื่องผ่านทางหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
- หน่วยงานที่เกี่ยวข้องส่งต่อเรื่องร้องเรียนไปยังหน่วยงานที่ถูกร้องเรียน
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนแจ้ง/สำเนาเรื่องร้องเรียนดังกล่าวมายังศูนย์ปฏิบัติการฯ ทราบภายใน 15 วันนับจากวันที่หน่วยงานเจ้าของเรื่องได้รับเรื่องร้องเรียน
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนดำเนินการจัดการเรื่องร้องเรียน
- ศูนย์ปฏิบัติการฯ ติดตามเรื่องร้องเรียนอย่างต่อเนื่องจนได้ข้อยุติ
- หน่วยงานที่ถูกร้องเรียนแจ้งผลการจัดการข้อร้องเรียนไปยังผู้ร้องเรียนแจ้งผลการจัดการข้อร้องเรียนไปยังผู้ร้องเรียน พร้อมทั้งสำเนาส่งให้ศูนย์ปฏิบัติการฯ และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องที่ส่งเรื่องร้องเรียนดังกล่าวมา ทราบด้วย