ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชั่น แบ่งโครงสร้างภายในออกเป็น 2 กลุ่มงาน คือ กลุ่มงานป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบ และกลุ่มงานส่งเสริมและคุ้มครองจริยธรรม โดยศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตคอร์รัปชั่นมีแนวทางการดำเนินงาน ดังนี้
1. ปรับปรุงแผนปฏิบัติราชการฯ 4 ปี ของกระทรวง โดยเพิ่มประเด็นยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมธรรมาภิบาลให้สมบูรณ์โดยเฉพาะด้านการสร้างความโปร่งใสหรือการป้องกันและปราบปรามการทุจริตฯ และการส่งเสริมและคุ้มครองจริยธรรม
2. ส่วนราชการในสังกัดปรับปรุงแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี ให้สอดคล้องกับแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี ของกระทรวง โดยเพิ่มประเด็นยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมธรรมาภิบาลโดยเฉพาะด้านการสร้างความโปร่งใสหรือการป้องกันและปราบปรามการทุจริตฯ และการส่เงสริมและคุ้มครองจริยธรรม (ตามขั้นตอนที่ 1)
3. ศูนย์ปฏิบัติการฯ และส่วนราชการในสังกัดร่วมกันปรับปรุงแผนปฏิบัติราชการประจำปีของส่วนราชการให้สอดคล้องกับแผนปฏิบัติราชการ 4 ปี (ตามขั้นตอนที่ 2) และนำแผนปฏิบัติราชการประจำปีที่กำหนดไปสู่การปฏิบัติ
4. จัดการเรื่องร้องเรียนให้ศูนย์ปฏิบัติการฯ ดำเนินการโดยส่งเรื่องร้องเรียนไปยังหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และติดตามผลอย่างต่อเนื่องจนได้ข้อยุติ
5. ติดตามผลการดำเนินงานของส่วนราชการในสังกัด โดยให้ส่วนราชการในสังกัดรายงานผลการดำเนินการตามแผนปฏิบัติราชการประจำปี (เฉพาะประเด็นยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมธรรมาภิบาลฯ) ส่งมายังศูนย์ปฏิบัติการฯ เพื่อสรุปผลการดำเนินงานในภาพรวมของกระทรวงทุก 2 เดือน
6. จัดทำรายงานสรุปผลการดำเนินงานในภาพรวมของกระทรวงทุก 6 เดือน (ตามขั้นตอนที่ 5) สำเนาเสนอปลัดกระทรวง/รัฐมนตรี ส่งไปยังสำนักงาน ก.พ.ร.
7. นำผลการดำเนินงานตามแผนปฏิบัติราชการประจำปีมาปรับปรุงแผนปฏิบัติราชการฯ ของกระทรวงในประเด็นยุทธศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับการส่งเสริมธรรมาภิบาลฯ
8. สำนักงาน ก.พ.ร. จัดประชุมสรุปผลการดำเนินงานของศูนย์ปฏิบัติการฯ ในภาพรวมของทุกส่วนราชการทุก 6 เดือน
9. สำนักงาน ก.พ.ร. จัดทำรายงานประจำปีของศูนย์ปฏิบัติการฯ เสนอ ครม.